La Federación Panamericana de Asociaciones de Facultades (Escuelas) de Medicina, FEPAFEM, está regida por cuatro Cuerpos de Gobierno:
El Consejo de la Federación, integrado por los Miembros del Comité Administrativo y por los delegados de las asociaciones y facultades afiliadas.
La Mesa Directiva integrada por el Presidente, el Vicepresidente, el Tesorero y el Director Ejecutivo.
El Comité Administrativo, integrado por la Mesa Directiva y un Vocal por cada una de las subregiones de las Américas.
La Presidencia tiene su sede Buenos Aires, Argentina.
La Dirección Ejecutiva, órgano ejecutor de los proyectos y programas de la Federación, con sede en Caracas está organizada en dos áreas:
Dirección de Programas, la cual estudia los proyectos en fase de planeación y dirige la ejecución y seguimiento de los programas con el apoyo del Centro de Información y Documentación de Educación Médica y Salud, CIDEMS.
Dirección de Administración que comprende a su vez la Coordinación General Administrativa, Personal, Tesorería y Finanzas.
La Oficina de Recursos Educacionales tiene su sede en Bogotá, Colombia.